Miasto zostało lokowane w 1266 roku na prawie lubeckim pod rządami książąt pomorskich. W 1308 roku Hel dostał się pod panowanie komtura gdańskiego. W 1378 roku wielki mistrz Wintrych von Kniprode ponowił lubeckie prawa miejskie. Miasto było wtedy ważnym punktem handlowym, o czym świadczy istnienie na Helu krzyżackiego składu soli. Mieszkańcy trudnili się rybołówstwem i przybrzeżnym piractwem. Na początku XV wieku 1,5 km od Starego Helu powstała nowa osada. Przez całe stulecie istniały równolegle dwa ośrodki miejskie, aż przewagę uzyskał Nowy Hel. Do dzisiejszego dnia po Starym Helu nie ma śladu, część półwyspu gdzie stał pochłonęły wody zatoki. Kościół św. Pawła i Piotra wybudowany w  1417 roku, który kiedyś stał w centrum Nowego Helu obecnie jest już tuż koło przystani w bezpośrednim zasięgu fal morskich.

1454 roku Hel stał się częścią posiadłości miasta Gdańska. Spowodowało to spadek roli Helu jako ośrodka miejskiego, odebrano mu specjalne przywileje.  Gdańsk miał prawo pierwokupu połowów od helskich rybaków. Od 1579 roku wolno było sprzedawać w Helu piwo tylko z browarów gdańskich.

W 1626 roku Hel został zajęty przez Szwedów, którzy zażądali złożenia przysięgi na wierność królowi Gustawowi Adolfowi. Mieszkańcy odmówili, a Hel został spalony i ograbiony. W początkach W 1709 roku wybuchła epidemia dżumy i Hel został dosłownie zdziesiątkowany epidemią dżumy, zmarło 225 osób.

W 1793 roku Hel został włączony do Prus. W latach 1807 – 14 do Wolnego Miasta Gdańska, następnie ponownie do zaboru pruskiego. W 1823 roku ukończono budowę stacji ratunkowej w 1826 latarni morskiej. Wyludnienie się Helu spowodowało, iż w 1872 utracił on prawa miejskie. 1892-3 wybudowano tu niewielki port, gdzie zawijały statki wycieczkowe z Gdańska i Sopotu.  Utworzono dom letniskowy, a w roku 1896 Hel uzyskał status "Kąpieliska Bałtyckiego".

10 lutego 1920 roku Polska ponownie odzyskała władzę nad Helem. Nastąpił szybki rozwój portu rybackiego i jako kąpieliska morskiego, szczególnie dzięki budowie linii kolejowej do Pucka w 1922 roku. W latach dwudziestych powstała tu pierwsza polska placówka naukowa badań biologii morza, kierowana przez Uniwersytet Poznański. W 1927 roku zaczęto budować kolonie domów dla polskich rybaków tzw. "Kolonia Rybacka". W 1936 roku Dekretem Prezydenta RP Hel został przekształcony w Rejon Umocniony Hel. Powstał tu garnizon liczący około 3000 żołnierzy i oficerów, wybudowano baterie i sprowadzono uzbrojenie. Hel bronił się aż do 2 października, czyli kilka dni dłużej niż Warszawa.

Po wojnie Hel rozwinął się w nadmorski kurort. W 1954 roku Hel uzyskał prawa osiedlowe, a w 1963 roku przywrócono prawa miejskie. Po drugiej wojnie światowej rozbudowano port.